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            牧醫所揭示不同尾型中國綿羊品種群體遺傳差異

            2021-08-20 08:30:00 來源:中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所

              近日,牧醫所利用高密度SNP芯片數據對我國不同尾型的地方綿羊品種進行了有效群體大小估計、全基因組長純合片段(ROH)掃描及高頻ROH基因組區段鑒定,檢測出不同群體特有和共有的ROH基因組區段,為保護和開發利用我國地方綿羊品種、深度挖掘功能基因提供了重要參考。相關成果發表在《畜牧與生物技術雜志(Journal of Animal Science and Biotechnology)》(IF=5.032)上。

              據王立賢研究員介紹,良好的近交控制是畜禽遺傳改良和畜牧業可持續發展的重要保障。傳統的利用系譜信息評估近交(FPED)在實際應用中存在系譜信息難收集、錯誤率高、歷史近交被忽略等問題。隨著全基因組測序和基因芯片等成本的降低,利用分子信息評估近交成為研究的熱點。研究人員利用高密度SNP芯片數據(600k)對大尾寒羊,阿拉泰羊,呼倫貝爾羊、草原短尾羊和西藏羊等不同尾型的五個綿羊品種進行了連鎖不平衡檢測、有效群體大小估計、觀測雜合度和期待雜合度近交系數計算(FHOM),基于ROH進行了全基因組近交系數計算(FROH)。結果顯示,多種遺傳多樣性評估結果與FROH評估結果幾乎一致。特別是基于ROH檢測到大尾寒羊群體最高的平均近交水平達到0.0808,并且具有最高比例的ROH片段(0.037),表明該群體近世代有效群體小、近交程度高,與大尾寒羊的群體現狀相吻合。此外,研究人員基于不同群體內高頻ROH區域,篩選出了與群體特征一致的重要經濟性狀基因,例如與綿羊尾部脂肪沉積相關的 PDGFD 、 HOXA10 基因,與生長發育相關的 TNNI1 、 CSRP1 和 EEF1A2 基因。

             

             

              該研究得到國家自然科學基金和中國農業科學院科技創新工程等項目的支持。碩士研究生劉家鑫和博士研究生史良玉為文章共同第一作者,王立賢研究員和趙福平研究員為共同通訊作者

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